Решение об объявлении деятельности организации нежелательной на территории России принимается генеральным прокурором Российской Федерации или его заместителями по согласованию с Министерством иностранных дел России. Министерство юстиции (Минюст) РФ ведёт перечень таких организаций.

После признания организации нежелательной блокируются её безналичные денежные средства и имущество в России. Отделения и филиалы организации, признанной нежелательной, закрываются. Распространение информационных материалов, в том числе через средства массовой информации, не допускается. Кроме того, организации, признанной нежелательной, воспрещается осуществление в Российской Федерации программ или проектов, учреждение ими российских некоммерческих, общественных и религиозных организаций. Въезд в Российскую Федерацию лиц, участвующих в деятельности нежелательных организаций, также ограничивается. 

По состоянию на 29 мая 2025 года Министерство юстиции Российской Федерации признало 227 зарубежных и международных неправительственных организаций «нежелательными» в России.